Есента 2002-ра, тогашниот директор на ЦИА издава наредба за ракетирање на еден џип во Јемен, во кој се вози Каед Салим Синан ал Харети, командантот на ал Каеда кој го организираше бомбашкиот напад УСС Кол. Хелфајр проектилот успешно го разнесува џипот и Харети кој е во него. Ова е прво потврдено убиство на терорист со дрон на ЦИА, пресврт во трансформацијата на агенцијата од "традиционална шпионска служба посветена на крадење тајни од странски влади" во "машина за убивање, и организација опседната со ловење луѓе."
ЦИА продолжува со ловот, а до 2004-та почнува и да ја аутсорсира оваа дејност кај компании како Блеквотер. Во 2009-та новиот директор на ЦИА го известува Конгресот за постоење на тајната програма, како и тоа дека истата ја укинал.
И покрај тоа што ЦИА само во изминативе петнаесетина години има неколку катастрофални пропусти (11-ти септември и неуспехот да најде неколку од организаторите, грешната претпоставка околу оружјето за масовно уништување на Садам, па до појавувањето и растот на ИД и намерата на Путин за анектирање на Крим), таа и понатаму успева да "исплива" од проблемите. Заради бирократија ЦИА избегнува секако посериозен надзор и одржува директен контакт со претседателот на САД, кој и понатаму е единствен кој може да ги избира и менува директорите на агенцијата.
"Агенцијата долго време ужива и во пристапот до останатите центри на влијание во Вашингтон затоа што најголем дел од нејзината работна сила е врзана со 'членовите на елитните универзитети, и источното лоби во американската политика'... За високите функционери од Белата куќа и моќните законодавци 'луѓето кои управуваат со ЦИА се истиот вид на луѓе со кои најверојатно биле во колеџ'... Од администрацијата на претседателот Двајт Ајзенхауер кога поранешниот студент на Принстон ја водеше агенцијата, и дипломецот од Јеил, Џорџ Буш кој ја управуваше ЦИА, до администрацијата на Обама кога Дејвид Петреус од Принстон го презема кормилото, врските со елитните колеџи се вредна референца за оние на врвот од агенцијата," објаснуваат новинарите на Форин Полиси во анализата за влијанието на ЦИА.
Самите директори на ЦИА обични имаат и сериозно долга мината соработка со претседателите. Сегашниот директор, Џон Бренан, е еден од главните советници на Обама за разузнавање и контра-тероризам за време на кампањата во 2008-ма. Потоа тој минува 4 години во Белата куќа како советник на претседателот по овие прашања, за дури во 2013-та да биде назначен. Џон Меклафлин пред да стане директор на ЦИА во 2004-та мина неколку децении во агенцијата и работеше со неколку претседатели. Тој во едно интервју објасни дека Обама, како и многу други претседатели пред него, имаат многу малку почит за она што го работи ЦИА се додека не се инаугурирани... "во еден момент тој сфаќа дека ЦИА е дел од неговиот алат за работа, и дека ќе му биде далеку подобро ако ја користи таа алатка."
"Ова веројатно е најголемата предност на ЦИА: таа не одговара пред никого освен пред претседателот. ДИА, која собира и анализира воени разузнавачки податоци, работи за Пентагон; ФБИ, која има клучни домашни разузнавачки податоци и одговорности, го слуша Департманот за правда; а бирото за Разузнавање и истражување на Стејт департманот, кој се грижи дека разузнавачките служби се од корист за американската дипломатија одговара пред департманот. Дури и НСА, која е неспоредливо најголема и најдобро финансиран дел од разузнавачката заедница, технички е дел од Пентагон. ЦИА не е. Крајниот резултат е дека заради ова тие имаат 'неспоредливи овластување за тајни операции во војната на тајни операции,'" објаснуваат од Форин Полиси.
