По извлечените групи за ЛШ, попладнево во Монако се одредија и групите за Лига Европа. Како за ЛШ, така и за ЛЕ, меѓу себе не можеа да паднат екипи од Русија и Украина. Дебитанти во УЕФА Европа Лигата се: Астана, Селта Виго, Дандалк, Хапоел Бер-Шева, Коњаспор, Олимпијакос, Османлиспор, Сасуоло, Саутемптон, Мајнц, Манчестер Јунајтед, Ница и украинската Зорија Луганск.
Ждрепката ја влечеа Андрес Палоп, легендарниот голман на Севиља, екипа рекордер во Лига Европа/Куп УЕФА со пет трофеи и Патрик Андерсон.
Првото коло од групната фаза ќе се игра на 15. септември, второто на 29. септември, а последното шесто на 8 . декември. Финалето ќе се игра на 24 мај 2017. година на „Френдс Арена“ во Стокхолм.
Група А: МАНЧЕСТЕР ЈУНАЈТЕД, ФЕНЕРБАХЧЕ, ФЕЕНОРД, ЗОРИЈА ЛУГАНСК.
Група Б: ОЛИМПИЈАКОС, АПОЕЛ, ЈАНГ БОЈС, АСТАНА.
Група Ц: АНДЕРЛЕХТ, СЕНТ ЕТЈЕН, МАЈНЦ, ГАБАЛА.
Група Д: ЗЕНИТ, АЗ АЛКМАР, МАКАБИ ТЕЛ-АВИВ, ДАНДАЛК.
Група Е: ВИКТОРИЈА ПЛЗЕН, РОМА, АВСТРИЈА ВИЕНА, АСТРА ЃУРЃУ.
Група Ф: АТЛЕТИК БИЛБАО, ГЕНК, РАПИД ВИЕНА, САСУОЛО.
Група Г: АЈАКС, СТАНДАРД ЛИЕЖ, СЕЛТА ВИГО, ПАНАТИНАИКОС.
Група Х: ШАХТЈОР ДОЊЕЦК, БРАГА, ГЕНТ, КОЊАСПОР.
Група И: ШАЛКЕ, САЛЦБУРГ, КРАСНОДАР, НИЦА.
Група Ј: ФИОРЕНТИНА, ПАОК, ЛИБЕРЕЦ, КАРАБАГ.
Група К: ИНТЕР, СПАРТА ПРАГА, САУТЕМПТОН, ХАПОЕЛ БЕР-ШЕВА.
Група Л: ВИЉАРЕАЛ, СТЕАУА БУКУРЕШТ, ЦИРИХ, ОСМАНЛИСПОР.