Едмонстон растел во 1770-тите на плантажа во сопственост на шкотскиот политичар Чарлс Едмонстон, во Демерара, регион во јужна Америка на место на денешна Гвајана. Таму политичарот често го пречекувал на гости својот зет, Чарлс Ватертон, кој подоцна ќе стане прочуен природонаучник. Додека престојувал во Демерара, Ватертон често патувал за да ја набљудува прашумата и за да собира примероци птици. Овие патувања можеле да бидат опасни, па тој го земал со себе и Џон Едмонстон, и го научил како да препарира суштества на лице место, пред тие да скапаат во влажноста на џунглата. Така овој го научил занаетот, најпрвин да ги потопува примероците во жива, и да им ги празни внатрешните органи. Истовремено, учел многу за флората и фауната на овој континент.
Џон бил ослободен во 1817, откако патувал до Глазгов со Чарлс Едмонстон. Останал во Британија, и живеел на само неколку чекори од Универзитетот во Единбург. Подоцна се вработил како наставник по таксидермија во локалниот музеј. Во текот на овој ангажман со студентите по биологија препарирал голем број птици, но и еден огромен примерок на боа-констриктор.
Во 1826 вештиот препаратор добил необично амбициозен чирак - 17-годишниот Чарлс Дарвин кој само што се запишал на универзитет за да учи медицина, но наскоро сфатил дека нема интерес (и стомак) за операциите без анестезија. Наместо тоа, секој ден во тек на два месеци, Дарвин му плаќал на Едмонстон една гвинеја (oколу 70 денари) за едночасовна лекција по препарирање. Двајцата станале многу блиски, за подоцна Дарвин во својот мемоар да го нарече својот ментор „личен пријател“, сеќавајќи се на бројните часови кои ги минале заедно прикажувајќи за птиците.
Историчарите велат дека влијанието на Едмонстон не било само орнитолошко, туку и идеолошко, во смисла на тоа дека Дарвин преку него дополнително го замразил ропството. Тие сепак знаат многу малку за приватниот живот на поранешниот роб - на пример дали имал жена и деца. Неговото име (кое не му е ни роденото) е главно сведено на фуснота во биографиите на Дарвин. Сега научници прават напори да ја помрднат неговата приказна од маргините на научната историја кон нејзиниот центар, и ги повикуваат професорите по еволутивна биологија да го вклучат во своите предавања.
