Во Милан имаше проблеми со 'рбетот и често беше надвор од првите 18. И покрај убедливиот триумф против Интер, Милан на крајот заврши под ривалот, така што летото Галијани и Браида отидоа во лов и се вратија со Пипо Инзаги во Миланело.
Дојдоа Руи Коста, Пирло и Хави Морено (трет стрелец во Примера во сезоната 00/01). Бироф тоа лето замина во Монте Карло, така што Командини и натаму можеше да смета на статусот трет напаѓач. Во еден момент се случил пресврт во неговата кариера.
Генералниот директор на Аталанта, Бепе Марота во телефонски разговор со претседателот на Бергамашите Иван Ругани се договорил за Џани Командини да платат 30 милијарди лири, 15 милиони евра со што го направија најскапиот трансфер во клупската историја. Во летото 2001-ва Руџери ја создаде неверојатната Аталанта. Екипата која се врати во Серија А го намами Бепе Марота од Венеција кој со себе го донесе Маурицио Ганц, го позајми Венола од Интер и го врати од позајмица голманот Иван Пелицоли.
Аталанта до февруари беше четврта на табелата и имаше пласман во ЛШ. Во составот беа близнаците Ѕенони, Масимо Донати и чудесниот Кристијано Дони, како и Лука Саудати детето на Милан.
Командини и натаму имаше проблеми со грбот, следуваше операција после што тој сфатил дека маката со долниот дел на 'рбетот е неподнослива и ги прекина сите тренинзи. Аталанта го праќаше на позајмица во второлигашите Тернана и Џенова, период после кој Командини одлучи што е најдобро за него.
Џани со спуштена глава се вратил во Чезена, со другарите го обновил градскиот театар каде почнал да работи како ди-џеј (пуштал сетови од AC/DC, Ред Хот Чили Пеперс и Квин). Отворил ресторан на плажата Чезенатико и играл аматерски во екипата основана од неговиот татко Паоло во 1983-та.
„Фудбалскиот свет е убав и возбудлив, но во исто време е тежок и не е човечки. Уморен сум од сето ова, не се чувствувам пријатно. Благодарение на фудбалот го прошетав целиот свет, живеев во хотели со 5 ѕвеѕди, но секогаш во затворен простор, под надзор, во контролирано опкружување. Сакав да излезам од оваа област. Да разговарам со луѓе кои не ги интересира фудбалот и кои ќе ме сакаат или мразат како човек а не како играч", изјави Командини во интервју за Република ТВ и Кориере дела Сера.
Го викале во ОАЕ каде можел да заработи многу пари, но тој одбил. На 28 години ја заврши кариерата, стави ранец на грб и почна една нова авантура:
„Купив авионска карта и импровизирав. Спиев по хостели, бунгалови, апартмани и плажи. За шест месеци ги пропатував Бразил, сурфаф во Порторико, Панама, Мексико, Австралија, Фиџи, Нов Зеланд. Моето ново хоби е сурфингот каде за разлика од фудбалот нема цврсти и строги правила. Сурфингот е слобода", раскажуваше тогаш Командини.
Кога новинар на Milan News пред неколку години го прашал дали знае дека многу луѓе мислат дека забегал што на 28 години ја прекинал фантастичната кариера во 2006-та, Командини изјавил:
„Речиси сите зборуваат така. Не ме поддржаа многу луѓе. Народот мисли дека животот почнува и завршува со фудбал. Сепак фудбалот не беше врвот на мојот живот, ми беше само голем терет. Се откажав од многу пари во Емиратите, но ја добив слободата која е бесценета. Сакам едноставен живот. Немам Ферари, голема вила или јахта, не затоа што не можам да ги приуштам, туку затоа што штедам за други работи", констатираше незаборавниот херој на миланското дерби.
Командини ги доживеа своите пет минути слава кога го матираше Себастијан Фреј на два пати. Потоа си докажа себеси дека за да биде среќен нема потреба од споредби со Паоло Роси, фото сесии по женски магазини и трансфери со девет нули.