Горан Пандев како наш единствен претставник на фудбалската европска сцена кој со Наполи беше елиминиран во групата на смртта, во нокаут фазата во второто по квалитет клупско европско натпреварување доби противник од Премиер лигата.
За формирање на првата нокаут рунда во Лигата на Европа покрај пласираните 24 екипи од групната фаза, се приклучија и елиминираните екипи од групите во Лигата на шампиони кои завршија на третата позиција, а тоа се Базел, Бенфика, Наполи, Шахтар, Ајакс, Јувентус, Порто и Викторија Плзен.
Исто како и во Лигата на шампиони, во нокаут фазата не можеа да се сретнат два клуба кои играа во иста група или се од иста држава.
Двојки:
Днипро – Тотенхем
Бетис – Рубин Казан
Свонси – Наполи
Јувентус – Трабзонспор
Марибор – Севиља
Викторија Плзен – Шахтар Доњецк
Черноморец – Лион
Лацио – Лудогорец
Есбјерг – Фиорентина
Ајакс – Салзбург
Макаби Тел Авив – Базел
Порто – Ајнтрахт Франкфурт
Анжи – Генк
Динамо Киев – Валенсија
Паок – Бенфика
Либерец – Аз Алкмар
Првите натпревари од 1/16 финалето се играат на 20 февруари, а реваншите се една недела подоцна.
Финалето се игра на „Јувентус Стадиум" во Торино на 14 мај 2014 година.
