Телевизијата е формирана во 1996-та како дел од планот на новиот емир на Катар, Хамад бин Калифа, за спротивставување на саудиската доминантност во регионот. За почеток тој и дава на телевизијата грант од околу 150 милиони долари.
Од своето отворање Ал Џезира работи по сите новинарски стандарди и кодекси, критикувајќи ги и нагласувајќи ги слабостите на владите во регионот, а потоа и низ светот. Исклучок е само владата на Катар, која сето ова време добива крајно повластен третман.
По една емисија на Ал Џезира во 2002, во која се критикува Саудиска Арабија, земјата го повлече својот амбасадор од Катар. Одлуката за повлекувањето траеше до 2008.
