Првиот датум испишан со златни букви за ФК Вардар е 26. мај 1961 година, кога на стадионот ЈНА во Белград, вардарци го подигнаа пехарот во купот на Југославија „Маршал Тито“ откако во финале го совладаа Вартекс од Хрватска со 2:1. Меѓу славните играчи во составот беа Андон Дончевски, Сократ Мојсов, Часлав Божиновски...
На почеток играчите ја носеле сината и белата боја, но по земјотресот во Скопје 1963-та година на собрание било одлучено дресовите на Вардар да бидат црвено – црни. Незаборавен трофеј за историјата на клубот е титулата во југословенското првенство во сезоната 1986/1987.
Таа славна генерација ја предводеа Дарко Панчев, Илија Најдовски, Вујадин Станојковиќ, Бобан Бабунски, Тони Савевски, Драган Канатларовски, Чедомир Јаневски, Васил Рингов, Љупчо Марковски, Слободан Мутибариќ...
Вардар е најтрофеен македонски клуб кој има освоено 8 првенствени титули и 5 куп трофеи во независна Македонија. Најголемиот успех на европска сцена го постигнаа во сезоната 2003/2004 кога стигнаа до третото квалификациско коло во ЛШ и беа елиминирани од Спарта Прага со вкупен резултат 5:4.
За прв претседател на Вардар е назначен Димче Беловски, а најмногу раководни структури се менуваа во периодот меѓу 2004 и 2014 година кога претседатели беа Борче Ристевски, Васил Марковски, Трифун Костовски, Атанас Костовски, Орце Камчев, Ванчо Шехтански, Тони Костовски, Зоран Шишковски.
Мнозински сопственик на македонскиот фудбалски бренд од почетокот на минатата година стана рускиот бизнисмен Сергеј Самсоненко кој се обврза дека во следните 10 години ќе инвестира по минимум милион евра годишно.
Под негово водство Вардар го доби првиот фан шоп каде се продаваат навивачки реквизити и од РК и ЖРК Вардар, а најави изградба и на нов модерен тренинг центар. Од Самсоненко се очекуваат силни засилувања и поголеми успеси на меѓународна сцена.
На мечот против Црвена Звезда одигран на 4 мај 1987 година на западната трибина за прв пат се појавил транспарент Комити. Тоа е најверната навивачка група која и денеска не се дели од клубот.
Рекордни бројки:
Најмногу настапи: Кочо Димитровски 845
Најмногу голови: Андон Дончевски 217
Најмногу првенствени голови: Васил Рингов 97
Најмногу првенствени голови за една сезона: Саша Ќириќ (1992/1993) 36
Најдобар просек на ефикасност: Дарко Панчев, 207 меча/123 гола (0,65 по натпревар)
Најдобар стрелец на европските натпреварувања: Дос Сантош Вандаир 12
Најтрофеен тренер: Ѓоко Хаџиевски 5 шампионски титули и 2 купа
Најголема победа на меѓународна сцена: Етникос – Вардар 1:5 (19.06.2004)
Најмногу гледачи: ФК Вардар – БАТЕ Борисов 33.000 (2012/2013)
