Во текот на својата долга и плодна кариера, биологот Лин Маргулис направила низа револуционерни придонеси кон науката, кои денес ги сметаме за општоприфатени факти. Таа, меѓу другото, била силен поддржувач на „Гаја хипотезата“ на Џејмс Е. Лавлок, според која Земјата функционира како саморегулирачки систем што создава услови погодни за живот.
Сепак, нејзиниот најзначаен и најконтроверзен придонес била теоријата на тн. симбиогенеза. На почетокот таа била опишувана како „чудна“ и „естетски привлечна“, но научно неубедлива. Со текот на времето, теоријата сепак се наметнала и целосно го променила начинот на кој го разбираме потеклото на животот.
Кон крајот на 1960-тите, Маргулис го објавила трудот „За потеклото на митозните клетки“, кој за тоа време бил исклучително авангарден. Во него таа изнела идеја дека животот не е резултат само на постепена еволуција, туку и на спојување на различни организми кои со текот на времето станале неразделни.
Според ова гледиште, соработката – а не натпреварот и доминацијата – е главниот двигател на животот. Ова директно се судира со Дарвиновиот принцип „опстанок на најспособните“, кој тогаш се сметал за неприкосновен. Нејзиниот труд бил одбиен од петнаесет научни списанија, пред конечно да биде објавен во Journal of Theoretical Biology.
Сепак, времето ги потврдило нејзините ставови. Во доцните 1970-ти и раните 1980-ти години, истражувањата покажале дека хлоропластите и митохондриите – клучните „енергетски централи“ на растенијата и животните – некогаш биле самостојни бактерии. Ова потврдило дека на биолошко ниво поврзаноста и заедништвото се поважни за опстанокот од целосната автономија. Денес ова знаење е дел од учебниците, но ретко се споменува колкав отпор морало да се надмине за тоа да биде прифатено.
Иако е вообичаено новите научни теории да бидат пречекани со скепса, особено кога го менуваат доминантниот наратив, многумина сметаат дека сексизмот одиграл значајна улога во почетното отфрлање на Маргулис. Таа и самата укажувала дека жените често биле гледани прво како сопруги и мајки, а дури потоа како научници. Се сеќавала дека, додека била во брак со Карл Саган, тој можел непречено да ја продолжи својата научна работа, додека од неа се очекувало да ги извршува сите обврски на една домаќинка од 1950-тите.
Сепак, не сите нејзини контроверзни ставови можат да се објаснат со родовата дискриминација. Најпознато е нејзиното уверување дека СИДА-та не е предизвикана од ХИВ, туку од бактерија слична на онаа што предизвикува сифилис, иако тогаш веќе постоеле истражувања што го докажувале спротивното. Овој став бил сфатен како поддршка на негирањето на СИДА-та и се сметало дека им наштетува на напорите за превенција и лекување. Подоцна во животот, Маргулис јавно поддржувала и (наводни) теории на заговор поврзани со нападите од 11 септември.
