Малку е познато дека Франческо е дете на Милан, но како и многу други младинци често престојуваше на позајмици, а во 1993. година го најде своето место во Фиорентина.
Меѓу Виолетовите не му беше лесно, играше во Серија Б, но во првиот обид Фиорентина обезбеди промоција во елитата на италијанскиот фудбал, а Толдо веднаш стана прв голман.
Со Толдо Фиорентина два пати го освои Купот на Италија, го освои Супер Купот а играше и во Лигата на шампионите. Тимот од Фиренца со задоволство го смета како свој, иако многумина сметаат дека Франчеко се прослави на Европското 2000-та.
Во полуфиналето против домаќинот Холандија кога Лалињата погодија еден пенал од шест, Толдо го имаше најдобриот настап на еден голман на Европско првенство. Во финалето Италијанците ги делеа неколку секунди од победата, но Франција со златниот гол на Трезеге го освои Европското. Толдо беше прогласен за најдобар голман (Џиџи Буфон тогаш не бранеше поради повреда).
Толдо имаше одлични односи со контроверзниот претседател на Фиорентина, Виторио Чеки Гори, но поради финансиската катастрофа на клубот, немаше друг избор освен да смени средина.
Сезоната 2001/2002 ја мина во Интер, а една година подоцна го постигна неверојатниот гол против Јувентус во судиското продолжение. Претходно во 90-та Дел Пјеро погоди од пенал.
Четири сезони Толдо беше прв голман на Интер, но со доаѓањето на Жулио Цезар седна на клупата. Во исто време Италија ја тресеше Калчополи, а Интер освојуваше трофеи на сите полиња. Толдо сите овие награди ги примаше како резервен голман. Не сакаше да замине во друг клуб и кариерата ја заврши на 38 години во 2010-та. Неколку години работи како тренер на голманите во младинскиот тим на Интер, но изгледа дека е посреќен во работата со детскиот проект Интер Кампус и организацијата Интер засекогаш која што ги помага ветераните на клубот.
