Како и Мурињо така и Фарија никогаш не играл фудбал на високо ниво. Тој почнал како наставник по физичко, а се запознале кога Мурињо му бил помошник на Ван Гал во Барселона.
Фарија и Мурињо (Жозе е постар 12 години) почнале да работат заедно во 2001 година, кога Жозе втор пат во кариерата стана главен тренер - во клубот Леириа. Жозе го викнал Фарија да биде кондиционен тренер и видео-аналитичар па од тој момент досега работеле заедно цели 17 години.
Фарија му бил асистент на Мурињо во Португалија, Италија, Шпанија и Англија.
Мурињо неколку пати зборуваше како тој и Фарија имаат сличен карактер. Во сезоната 2011/2012 кога го тренираа Реал Мадрид, Фарија дури четири пати беше исклучен поради расправии со судиите. А во сезоната 2013/2014 кога Мурињо по втор пат се врати во Челси, Фарија го суспендираа 4 меча за сериозна расправија со Мајк Дин.
„Добро размислив и донесов одлука. Со жалење решавам да одам понатаму. Тоа беа 17 неверојатни, незаборавни години. Но веќе некое време чувствував дека сакам да бидам повеќе со семејството а потоа да најдам нов предизвик. Искрено му благодарам на Жозе Мурињо за тоа што веруваше во мене сиве овие години“, изјави Фарија синоќа а Мурињо се надоврза:
„Леирија, Порто, Лондон, Милано, Мадрид, па пак Лондон и Манчестер. Тренинзи, натпревари, патешествија, подготовки, победи и порази. Поминаа 17 години, детето стана маж. Ќе ми биде жал за другар ми, но неговата среќа е најважна. На крај, ја ценам неговата одлука зошто знам дека секогаш ќе бидеме заедно. Со среќа, брате“, рекол Мурињо на опростувањето со Фарија.
Од клубот не соопштија но најверојатно Фарија ќе го замени тренерот на U18 тимот на Манчестер, Киран МекКан. Самиот Фарија не кажа ни збор каде и кога ќе ја продолжи кариерата.
