Хормонската терапија за менопауза главно опфаќа системски естроген и прогестогени - на пример, апчиња или фластери кои испорачуваат хормони низ целото тело. При крајот на минатиот век лекарите често пати препишувале хормонска терапија за справување со симптомите на менопауза, како што се топли бранови, ноќно потење и мозочна магла.
Пресвртот се случил во 2002 година, кога во студијата Иницијатива за здравје на жените било заклучено дека терапијата го зголемува ризикот од рак на дојка, срцеви заболувања, згрутчување на крвта и мозочен удар, како и когнитивен пад по менопаузата. Во рок од шест месеци по објавувањето на оваа студија, употребата на хормонска терапија се намалило за 46%. Лекарите се воздржувале да ја препишат, а пациентите одбивале да ја применат.
Американската агенција за храна и лекови (ФДА) во 2003 година нареди на сите хормонски производи што содржат естроген за менопауза да се објавуваат етикети со најсериозни предупредувања за ризик од рак, дури и смрт.
Но, истражувачи наскоро посочија на методолошки недостатоци во анализата од 2002 година. Во следните две децении, повнимателни анализи на оригиналната студија, како и нови студии, покажаа дека системската хормонска терапија е многу безбедна за повеќето жени, со забелешки за нејзината употреба. ФДА пред една недела препорача да бидат отстранети етикетите со предупредувања.
Нови истражувања откриваат дека рамнотежата на ризиците и придобивките од системската хормонска терапија за менопауза се чини дека силно зависат од тоа кога некој ќе почне да користи хормони, како и од видот, дозата и времетраењето на употребата, се наведува во објаснувањето.

За жени под 60 години или во рок од 10 години од нивниот последен менструален циклус, терапијата е многу побезбедна отколку за постари жени. Следењето на учесничките од Иницијативата за здравје на жените во 2017 година покажа дека вкупните смртни случаи од која било причина всушност се намалиле кај оваа помлада кохорта на жени во менопауза кои земаат хормони.
Кај жените кои имаат повеќе од 10 години од нивниот последен менструален циклус, започнувањето со хормонска терапија може да го зголеми ризикот од кардиоваскуларни заболувања. Истражувачите сега го нарекуваат ова хипотеза за временска разлика. Поновите студии исто така го поддржуваат ова.
Некои начини за доставување хормони во телото се покажаа како побезбедни. Земањето естроген орално, како апчиња или таблети, носи поголем ризик од згрутчување на крвта. Овие ризици исчезнуваат кога се внесува преку кожата со помош на фластер, гел или спреј. Денес постојат многу повеќе опции за хормонска терапија отколку пред две децении.
Потврдено е дека хормонската терапија го подобрува здравјето на коските со спречување на губење на коскената маса. Некои студии сугерираат дека кај помладите жени во менопауза, таа всушност може да заштити од кардиоваскуларни заболувања, иако оваа врска сè уште не е докажана и бара повеќе студии.