Мајнц е првата тренерска љубов на Клоп, а ги водеше од 2001 до 2008 година. Ги однесе за прв пат во Бундеслигата и во квалификациите на Купот на УЕФА, а скорот му е 109 победи, 78 нерешени и 83 порази. На дуелот против Хофенхајм кој го доби Мајнц со 3:1, скокаше на сите голови.
